মাইক্রোওয়েভে নির্দিষ্ট কিছু খাবার গরম করা স্বাস্থ্যের জন্য অত্যন্ত ঝুঁকিপূর্ণ। বিশেষজ্ঞদের মতে, খোসাসহ ডিম গরম করলে বিস্ফোরণের আশঙ্কা থাকে। এছাড়া পালং শাক বা বাঁধাকপি গরম করলে নাইট্রেট ক্ষতিকারক নাইট্রাইটে রূপান্তরিত হয়, যা ক্যানসারের ঝুঁকি বাড়ায়। একইভাবে, শুকনো লঙ্কা ওভেনে গরম করা ফুসফুসের জন্য বিপদজনক।

প্লাস্টিকের পাত্রে খাবার গরম করলে বিষাক্ত রাসায়নিক খাবারে মিশে শরীরের হরমোনের ভারসাম্য নষ্ট করতে পারে। তাই সুস্বাস্থ্য বজায় রাখতে মাইক্রোওয়েভে খাবার গরম করার সময় সর্বদা কাচ বা সিরামিকের পাত্র ব্যবহার করা জরুরি।