রাম ও কৃষ্ণের তুলনা করে বাগেশ্বর ধামের মহারাজ ধীরেন্দ্র শাস্ত্রীর সাম্প্রতিক মন্তব্য ঘিরে রাজনৈতিক ও সামাজিক মহলে তীব্র বিতর্ক সৃষ্টি হয়েছে। যদিও তিনি ইতিমধ্যেই এই ঘটনার জন্য ক্ষমা প্রার্থনা করেছেন, তবুও তাঁর বিরুদ্ধে আইনি অভিযোগ দায়ের করা হয়েছে এবং অসন্তোষ কাটেনি। এই পরিস্থিতিতে বাগেশ্বর বাবার পাশে দাঁড়িয়ে অনিরুদ্ধাচার্য দাবি করেছেন, ত্রেতা যুগের রাম এবং দ্বাপর যুগের শ্রীকৃষ্ণ অভিন্ন এবং ওই মন্তব্য নিছক বিনোদনের ছলে করা হয়েছিল।

অনিরুদ্ধাচার্যের মতে, ভক্তদের মধ্যে আরাধ্য দেবতাকে নিয়ে এমন মশকরা ও তুলনার ঐতিহ্য দীর্ঘদিনের। অযোধ্যা ও বৃন্দাবনের উদাহরণ টেনে তিনি একটি রূপক গল্পের মাধ্যমে বোঝানোর চেষ্টা করেন যে, ভক্তদের ভবরিপার করতে শ্রীকৃষ্ণের বাঁকা রূপেরই প্রয়োজন হয়। তাঁর বক্তব্য, ভক্তদের আবেগ এবং ভক্তির গভীরতা থেকেই এই ধরনের কথার অবতারণা হয়েছে, যা কোনোভাবেই অবমাননাকর নয়।